[工人日報]世界首個野生梨基因組圖譜完成
記者獲悉,中國農(nóng)科院果樹研究所研究員曹玉芬團(tuán)隊與中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所研究員田志喜團(tuán)隊,日前合作組裝了高質(zhì)量的杜梨參考基因組序列——這是世界首個野生梨的基因組圖譜,也是我國在梨基因組學(xué)研究領(lǐng)域又一重大研究進(jìn)展。
該基因組的公布豐富了梨屬植物基因組信息,同時將為梨基因組研究、功能基因挖掘、梨屬植物馴化以及野生資源利用提供重要保障。
據(jù)曹玉芬團(tuán)隊介紹,科研人員以山西杜梨為材料,結(jié)合PacBio三代測序、Bionano光學(xué)圖譜、Hi-C技術(shù),組裝了高質(zhì)量的杜梨參考基因組序列。具體來看,杜梨基因組組裝大小為532.7兆,contig N50為1.57兆,共有59552個蛋白質(zhì)編碼基因和247.4兆重復(fù)序列被注釋,通過BUSCO對基因組完整性進(jìn)行評估,完整性達(dá)到95.9%。
研究認(rèn)為,杜梨擴(kuò)張基因在次生代謝通路中顯著富集,可能進(jìn)而影響杜梨較強(qiáng)的逆境適應(yīng)性。分析結(jié)果顯示,馴化過程中,東方梨的果實(shí)大小、糖代謝和轉(zhuǎn)運(yùn),以及光合效率受到正向選擇。
研究同時發(fā)現(xiàn),梨屬植物在馴化過程中果實(shí)酸澀味逐漸消失。杜梨原花青素合成結(jié)構(gòu)基因拷貝數(shù)顯著多于白梨,影響了原花青素的積累,同時花青素還原酶代謝途徑是原花青素合成的唯一途徑,山梨醇轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)可能是影響可溶性有機(jī)物質(zhì)積累的主要因素。
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