堿基編輯技術是一種新興的基因編輯技術，用于對DNA分子中特定位置進行單個堿基的修改，主要包括腺嘌呤堿基編輯器與胞嘧啶堿基編輯器等。然而，在評估堿基編輯器的編輯效果時，以前主要通過實驗，既耗時又耗力，且準確度有限，限制了堿基編輯器的進一步廣泛應用。
中國農(nóng)科院3月20日發(fā)布消息稱，該院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所（嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學與技術廣東省實驗室深圳分中心）動物表觀基因組學創(chuàng)新團隊近日研發(fā)的一種預測堿基編輯效果的新模型，大幅提升了預測堿基編輯器在基因組內源靶位點編輯效果的準確性。相關研究成果發(fā)表在《細胞發(fā)現(xiàn)（Cell Discovery）》上。
據(jù)了解，為找到提高預測準確度的限制因素，科研人員系統(tǒng)比較了堿基編輯器在外源整合靶位點和基因組內源靶位點的編輯效果。研究發(fā)現(xiàn)，堿基編輯器在內源靶位點的編輯效果受DNA甲基化、組蛋白修飾等表觀因素的影響。
為此，科研人員在整合引導RNA序列特征和靶位點表觀因素的基礎上，開發(fā)了一種預測堿基編輯效果的新模型BE_Endo，該模型可準確預測腺嘌呤堿基編輯器和胞嘧啶堿基編輯器在基因組內源靶位點的編輯效果。
同時，該模型還納入了基因組表觀遺傳學信息對編輯效果的影響，在評估堿基編輯器在內源靶位點編輯效果方面更準確和高效，對推動基因編輯工具的應用具有重要意義。
